O curso de graduação em Medicina da Universidade Franciscana possui um caráter interdisciplinar, com aulas práticas nas unidades básicas de saúde, hospital e laboratórios da Instituição desde o início do curso. A atividade desenvolvida por seus praticantes, os médicos, destina-se essencialmente ao diagnóstico das enfermidades e à terapêutica dos enfermos.

O médico formado na UFN terá uma formação generalista, crítica e reflexiva, com condições de obter uma vaga no mercado de trabalho nos diferentes níveis de atenção à saúde, pautada em princípios éticos, realizando ações de promoção, prevenção, recuperação e reabilitação da saúde, prestando uma assistência integral e humanizada, trabalhando em equipe, tomando decisões adequadas ao contexto social e aos recursos disponíveis.

O Projeto Pedagógico que fundamenta o curso de graduação em Medicina propõe a utilização de metodologias voltadas à aprendizagem de adultos. As aulas práticas na comunidade possibilitam a criação de vínculos e a ampliação da autonomia do estudante no gerenciamento de situações ou problemas de saúde no âmbito individual ou coletivo. Tais perspectivas baseiam-se nas principais recomendações relativas à Educação Médica Mundial, produzidos nos últimos 25 anos.