Para o desenvolvimento da pesquisa a Universidade Franciscana investe no fomento das potencialidades de iniciação e produção científica direcionada para áreas da vocação institucional, entendendo a pesquisa como atividade indissociável do ensino e da extensão. A pesquisa busca estar alinhada com a criação de processos, produtos e tecnologias que gerem desenvolvimento tecno científico e agreguem valor à Universidade, além disso, é um instrumento de articulação da graduação com a pós-graduação.

Na UFN as pesquisas estão concentradas em determinadas áreas, as quais encontram-se alinhadas aos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS) da ONU, com destaque para os objetivos 4, 3 e 5 que tratam respectivamente sobre: Educação de qualidade; Saúde e bem-estar; Igualdade de Gênero. Os ODS são um apelo global à ação para acabar com a pobreza, proteger o meio ambiente e o clima e garantir que as pessoas, em todos os lugares, possam desfrutar de paz e de prosperidade (https://brasil.un.org/pt-br/sdgs).